第四百章 動態APT
龐學林淡淡一笑，他倒沒有阿什福德那般失望，這份檢測報告的出爐，反而讓他下定決心確定了接下來的研究方向。
龐學林出聲道：“我個人檢測報告的事先放一邊吧，接下來我們最主要是做好兩方面的工作。第一，我們必須搞清處艾麗絲體內的T病毒為什么會轉變為ERV序列，找出這中間生物化學上的原理，我會說服艾麗絲配合你們的研究工作。至于另一個方向，就是對非編碼RNA的研究…”
“非編碼RNA？”
斯普魯斯等人一臉驚訝。
非轉錄RNA涉及到如何控制T病毒的問題，這半年來實驗室主要研究T病毒如何加速人體細胞的代謝速度以及一系列生化反應機理的問題，并沒有在如何抑制T病毒方面有所作為。
龐學林也沒告訴眾人非編碼RNA的事。
龐學林微笑道：“對于T病毒的研究，我們除了搞清楚它侵入人體的途徑并且產生的一系列危害外，我們也需要找到抑制這種病毒的辦法。大家都應該知道RNA干擾導致的基因沉默現象，從某種意義上說，基因沉默現象很可能是生物體進化過程中用來抵御轉座子或者RNA病毒的一種防御機制，是生物體使用的一種古老的抗病毒策略，我覺得想要抑制T病毒，甚至消滅T病毒，我們可以考慮從這方面入手。而RNA干擾又與非編碼RNA有著密不可分的聯系，所以我們未來一段時間內，主要工作就是盡可能找出人體內的非編碼RNA彼此之間以及與蛋白質之間的相互作用，我們分別以健康人、喪尸、艾麗絲以及我自己的健康細胞作為研究對象。”
斯普魯斯和柏克萊對視了一眼，柏克萊沉吟片刻，點頭道：“這個想法很好。不過這里面存在很大的問題。”
“什么問題？”
龐學林有些好奇道。
柏克萊道：“想要研究非編碼RNA在細胞內與其他非編碼RNA以及蛋白質之間的相互作用，我們就必須對蛋白質有一個非常深入的認知。特別是蛋白質的動態性與其內在功能的聯系，必以我們目前實驗室內的儀器，恐怕很那做到。”
“就拿蛋白質來說，雖然自二十世紀中期，血紅蛋白的晶體結構被解析以來，我們已經知道了很多蛋白質及其復合物的空間結構，。特別是近年來，隨著結構解析方法學的發展，特別是結構基因組學的興起，我們可以通過晶體衍射、核磁共振、冷凍電鏡等手段，大幅度加快了解析蛋白質的三維結構速度。”
“但是迄今為止，我們依然無法從蛋白質的一級序列去推斷它的三維結構，更不能準確預測它的生物學功能，甚至在已知三維條件下也很難做到準確地認識蛋白質的功能。原因很簡單，我們缺少對蛋白質時間維度的了解。蛋白質是具有一定空間結構的實體，其三維性質，如我們所熟知的疏水袋、套裝環等，與它的生物功能緊密相關。”
“然而，在溶液中，蛋白質處于不斷地運動和變化狀態，在活細胞內，蛋白質又要經過折疊、修飾、轉運和組裝成復合物的過程。這種運動的時間尺度隨不同蛋白質、同一蛋白質在不同環境、同一蛋白質的不同部位各不一樣。例如，通常酶的活性部位的運動性比較大，而二級結構部位則較為剛性。因此，同蛋白質的三維結構一樣，蛋白質的動態學特征在決定蛋白質功能的過程中具有同等重要的作用。”
“因此，我們必須具備在原子水平上實時觀察蛋白質動態變化的能力，然而由于結構研究方法的局限性，我們目前只能拍到蛋白質在某個瞬間的圖景。然而事實上，溶液中的蛋白質并不像晶體結構中所描述的那樣，只具備一個靜態結構，而是包含了一個動態的過程。從物理學的觀念上看，蛋白質在熱運動的作用下，在平衡結構附近存在著一個巨大的構象組合，就是構象簇。正是這種構象簇，實現了蛋白質與配體結合強度以及模式的多樣性。”
“對于這些構象簇如何與其他蛋白相互識別，如酶與底物的識別，我們還缺乏明確的認識。另外，真核生物體內蛋白質翻譯后，經歷肽鏈折疊、各種修飾、跨膜轉運、配體作用和降解過程等等，這些過程又將如何影響蛋白質的動態構象，從而調控生物功能呢？而且蛋白質的時間運動尺度很寬，從化學鍵的振動，側鏈基團的旋轉，到主鏈的運動，結構域的蠕動以及整個蛋白質結構的翻轉等等，這個過程囊括了從飛秒到千秒的一個很寬的時間尺度，因此，我們想要在實驗室內觀察到蛋白質原子水平的實時運動，還有一定的難度。”
龐學林好奇道：“用核磁共振技術不行嗎？我記得通過常規馳豫實驗技術可以觀察到皮秒到納秒的蛋白質動態，CPMG馳豫離散技術、順磁馳豫增強等技術手段可以觀察到蛋白質微秒到毫秒尺度的運動，結合氫氘交換等方法還可以檢測到秒到千秒這個尺度的運動…”
柏克萊搖了搖頭，苦笑道：“龐教授，您只知其一，不知其二，雖然我們目前已經認識到了蛋白質分子通過它局部的一些原子在快時間尺度下的熱平衡漲落來完成慢時間尺度下的運動，甚至于我們可以知道蛋白質的某些原子在某些時間尺度中的運動狀態，但這種觀察還相當有限，對于從整體上研究蛋白質的動態性依舊屬于杯水車薪。如今我們只能利用分子模擬技術，研究蛋白質分子從微秒到納秒的精確運動狀況，結合一些假設和簡化技術甚至可以模擬更長時間尺度的運動。但是這種方法只能讓我們得到一定數目蛋白質的整體平均特征，對于單個蛋白質分子如何運動的問題還知之甚少…”
龐學林不由得皺了皺眉，他倒沒想到，竟然還存在著這樣的問題。
可是也不應該啊，以保護傘公司所展現的水平，他們既然能在始祖病毒的基礎上搞出類似T病毒這樣的東西，不可能不去研究單個蛋白質分子的動態性問題，他們是怎么做到的？
他將目光從柏克萊身上移開，對上了坐在角落里，始終一言不發的阿什福德。
阿什福德朝龐學林搖了搖頭，意思是現在不方便說。
龐學林道：“既然如此，那這個就先放一邊吧，阿什福德博士，你跟我來一下，我有點事找你。”
很快，眾人相繼離開了實驗室，龐學林也帶著阿什福德來到了自己的辦公室內。
龐學林道：“阿什福德博士，剛才柏克萊教授所說的問題，保護傘公司是怎么解決的？”
阿什福德苦笑道：“保護傘公司內部的各種尖端實驗儀器以及設備要比外界高出一大截，我們如果想要從原子尺度研究非編碼RNA以及它與蛋白質之間的關系，恐怕還得在實驗室內添加一臺動態APT才行。”
“動態APT？”
龐學林有些不解地看著阿什福德。
阿什福德奧：“所謂APT，就是材料學中的原子探針層析技術，它可以確認原子種類并直觀地重構出其空間位置，相對真實地顯示材料中不同元素原子的三維空間分布，成為空間分辨率最高的一種分析測試手段。而動態APT，就是通過這樣一種探針來實時觀察蛋白質分子的運動，這種設備，只有保護傘公司才有。”
龐學林微微一愣，有些哭笑不得，沒想到自己想要研究干掉T病毒的方法，儀器設備還需要從保護傘公司獲取支持。
“不過，應該怎么才能讓斯賓塞心甘情愿地送一臺動態APT給我呢？”
龐學林皺眉沉思。
就在這時，辦公桌上的電突然響了起來。
龐學林拿起電話。
電話那頭傳來克萊爾聲音：“龐教授，保護傘公司來了一個叫做阿爾伯特·威斯克的人，他說想要見你。”
龐學林微微一愣，連忙起身道：“好，我馬上回地面。”
“怎么了？”
阿什福德好奇道。
龐學林笑了起來，說道：“阿爾伯特·威斯克來了，說不定我很快就能解決動態APT的問題了。”
從實驗室返回地面，龐學林徑直前往停機坪。
如今的肯普滕基地，相比于半年前，又有了不小的變化。
基地內的活動板房以及水電網暖等建設都已經完成。
電力設施主要依托于保護傘公司提供的一種小型移動式熔鹽核反應堆，相當于一個小型的和充電寶，可以完全滿足肯普滕基地內萬余人的生活需求。
基地周圍的防御墻建設也已經進入尾聲，防御墻包圍的面積大概在2.5平方公里左右，生活區只占據基地總面積的五分之一，剩下的區域，基本上都是以農田以及牧場為主。
學校，警局，醫院等公共服務單位也重新啟動。
此外，基地內還有公共食堂、公共澡堂等設施。
按照龐學林他們的規劃，一年后，基地內基本上達到自給自足，屆時可以完全脫離對保護傘公司的依賴。
這時，停機坪上，克萊爾正安排人手從直升機上卸載貨物。
一個看起來二十來歲，戴著墨鏡，頭發梳的一絲不茍的男子正在一旁耐心等候。
看到龐學林走過來，男子將目光轉向龐學林，眼中帶著審視的意味。
龐學林伸出手，微笑道：“阿爾伯特先生，我是龐學林。”
“龐先生，您好，我是阿爾伯特·威斯克，受斯賓塞先生委托，過來看一下肯普滕基地的情況。”
阿爾伯特和龐學林握了握手，淡淡道。
“果然是他！”
龐學林心中暗道，表面上卻不動聲色，說道：“阿爾伯特先生，歡迎來到肯普滕基地，需要我先帶你參觀一下基地。”
斯賓塞的三大手下，阿歷克斯·威斯克、阿爾伯特·威斯克以及威廉·柏金，威廉·柏金以及和馬斯庫攪和在了一起，阿歷克斯·威斯克又一直待在斯賓塞的身邊，從某種意義上說，阿爾伯特·威斯克算得上是保護傘公司內的二號人物。
阿爾伯特道：“龐教授，基地就不用參觀了，剛才在飛機上我已經大概看了一下，今天我代表斯賓塞先生過來，主要為了兩件事。第一件，當初你和斯賓塞先生談合作，條件是在T病毒的基礎上開發新一代病毒，我想知道那種病毒的開發工作進展到哪一步了。另一方面，我這次過來，希望能從你身上采集部分血液以及細胞樣本，上次從你身上拿到的樣本已經用完了。”
龐學林微微一愣，臉上露出一絲無奈的神色，說道：“采集標本沒什么問題，至于在新病毒的研發上，我們遇到了一些問題。”
“什么問題？”
阿爾伯特道。
龐學林道：“阿爾伯特先生，想必保護傘公司的研發部門已經檢測過我身上的ERV序列了，你們應該沒有從上面找到與T病毒的同源序列信息吧？”
阿爾伯特點了點頭。
他今天過來，主要就是為了這個問題。
當初龐學林與斯賓塞合作，斯賓塞寄希望于從龐學林身上得到全新的進化方向，還從龐學林身上抽取了血液標本。
結果保護傘公司的科學家們對龐學林的基因序列進行了深入研究后，卻壓根就沒能從龐學林身上找到任何與T病毒相關的同源信息。
這就有些麻煩了。
要知道不管是斯賓塞、威斯克、馬斯庫甚至于艾麗絲，他們感染了T病毒之后，體內的ERV中基本上都檢測出了T病毒的同源序列，斯賓塞還指望著從龐學林身上找到類似的序列，然后參考龐學林的ERV序列，找到T病毒的改進方向。
誰想到龐學林的ERV序列與他們完全不同。
這就比較麻煩了。
因為人體內的ERV序列成千上萬，誰也不知道哪一段有用，哪一段沒用。
保護傘公司的科學家們想要從龐學林的ERV序列中篩選到有用的信息，不花個十年八年，基本上不太可能。
斯賓塞可等不了那么久，既然保護傘公司內部的科學家做不到，他只好將希望寄托在龐學林身上，這也是他派阿爾伯特·威斯克過來找龐學林的主要原因。